Genotypisierung durch Amplikon Sequenzierung als Anwendung für standardisiertes genetisches Monitoring von forstlichen Ressourcen am Beispiel Fichte und Eiche - Genotyping by amplicon sequencing for standardized genetic monitoring of forestry resources using oak and norway spruce as example
Projektleitung: Berthold Heinze - Genomforschung
Laufzeit: 01.10.2021 - 30.09.2024 (aktuell)
Fördergeber: BOKU - Universität für Bodenkultur Wien, Department für Wald- und Bodenwissenschaften
Berthold Heinze Abteilungsleitung Institut für Waldwachstum Waldbau und Genetik Genomforschung Seckendorff-Gudent-Weg 8 1131 Wien +43-1-87838-2219 berthold.heinze@bfw.gv.at VCard herunterladen
Förderschiene:
externe Partner: Universität für Bodenkultur, Institut für Integrative Naturschutzforschung
Zusammenfassung: Das Projekt hat das Ziel neue Technologien zur Genotypisierung vorzuschlagen, einsetzbar im Bereich der Herkunftsforschung sowie bei Identifikations- und Kontrollverfahren, und als vergleichendes und standardisiertes Verfahren der Abschätzung bzw. Messung der genetischen Variation bei Waldbaumarten. Wir bieten eine Alternative zu derzeitigen Methoden unter besonderer Berücksichtigung des Einsatzes der neuen Sequenzierungs-Technologien und erhöhter Reproduzierbarkeit und Standardisierbarkeit von Datenaufnahmen im Vergleich zu herkömmlichen Methoden. Die Methode ist eine Weiterentwicklung des "genotyping by the thousands" Ansatzes (Campbell, 2014), die eine Genotypisierung duch Illumina Sequenzierung erlaubt, die aber mit unserer Auswertungsmethode die vollständige Information eines 500 bp Sequenzabschnittes für den „Allel Call“ verwendet. Dies wird durch spezifische Skripten erreicht und erlaubt eine sehr hohe Reproduzierbarkeit und eindeutige Definition der Allele.
Unsere Ziele können in drei wesentliche Bereiche eingeteilt werden:
1. Bereitstellung von neuen Lösungen zur routinemäßigen Genotypisierung von Waldbaumarten
2. Die Entwicklung von Datenmanagement-Möglichkeiten für die Verwaltung von Genotypisierungsdaten, und
3. Erstellung von Fallbeispielen zur Demonstration der Vorgehensweise und Verbreitung des Forschungsansatzes in den Forstwissenschaften. In diesem Zusammenhang soll die Methode weiter optimiert werden.
Diese Bereiche sollen zusammen nicht nur zu einer Verbesserung der derzeitigen Lösungen führen. Sie sollen vor allem einen Übergang von den derzeit meist angewendeten Methoden einer begrenzten Anzahl Marker und Informationsgehalt zu einem breiten genetischen Monitoring von forstlichen Ressourcen führen, verbesserte Möglichkeiten einer zentralisierten Datenverwaltung aufzeigen und dies für einige Beispiele auch implementieren.
Genotypisierung durch Amplikon Sequenzierung als Anwendung für standardisiertes genetisches Monitoring von forstlichen Ressourcen am Beispiel Fichte und Eiche - Genotyping by amplicon sequencing for standardized genetic monitoring of forestry resources using oak and norway spruce as example
Projektleitung: Berthold Heinze - Genomforschung
Laufzeit: 01.10.2021 - 30.09.2024 (aktuell)
Fördergeber: BOKU - Universität für Bodenkultur Wien, Department für Wald- und Bodenwissenschaften
Berthold Heinze Abteilungsleitung Institut für Waldwachstum Waldbau und Genetik Genomforschung Seckendorff-Gudent-Weg 8 1131 Wien +43-1-87838-2219 berthold.heinze@bfw.gv.at VCard herunterladen
Förderschiene:
externe Partner: Universität für Bodenkultur, Institut für Integrative Naturschutzforschung
Zusammenfassung: Das Projekt hat das Ziel neue Technologien zur Genotypisierung vorzuschlagen, einsetzbar im Bereich der Herkunftsforschung sowie bei Identifikations- und Kontrollverfahren, und als vergleichendes und standardisiertes Verfahren der Abschätzung bzw. Messung der genetischen Variation bei Waldbaumarten. Wir bieten eine Alternative zu derzeitigen Methoden unter besonderer Berücksichtigung des Einsatzes der neuen Sequenzierungs-Technologien und erhöhter Reproduzierbarkeit und Standardisierbarkeit von Datenaufnahmen im Vergleich zu herkömmlichen Methoden. Die Methode ist eine Weiterentwicklung des "genotyping by the thousands" Ansatzes (Campbell, 2014), die eine Genotypisierung duch Illumina Sequenzierung erlaubt, die aber mit unserer Auswertungsmethode die vollständige Information eines 500 bp Sequenzabschnittes für den „Allel Call“ verwendet. Dies wird durch spezifische Skripten erreicht und erlaubt eine sehr hohe Reproduzierbarkeit und eindeutige Definition der Allele.
Unsere Ziele können in drei wesentliche Bereiche eingeteilt werden:
1. Bereitstellung von neuen Lösungen zur routinemäßigen Genotypisierung von Waldbaumarten
2. Die Entwicklung von Datenmanagement-Möglichkeiten für die Verwaltung von Genotypisierungsdaten, und
3. Erstellung von Fallbeispielen zur Demonstration der Vorgehensweise und Verbreitung des Forschungsansatzes in den Forstwissenschaften. In diesem Zusammenhang soll die Methode weiter optimiert werden.
Diese Bereiche sollen zusammen nicht nur zu einer Verbesserung der derzeitigen Lösungen führen. Sie sollen vor allem einen Übergang von den derzeit meist angewendeten Methoden einer begrenzten Anzahl Marker und Informationsgehalt zu einem breiten genetischen Monitoring von forstlichen Ressourcen führen, verbesserte Möglichkeiten einer zentralisierten Datenverwaltung aufzeigen und dies für einige Beispiele auch implementieren.